تفاوت‌های بین این دو نسخه از Blazor متعدد هستند اما برخی موارد قابل ذکر عبارتند از:
1- در Server App با استفاده از SignalR یک کانکشن همیشه باز با سرور برقرار خواهد ماند اما در WebAssembly این حالت وجود ندارد و در صورت آفلاین بودن، برنامه تقریباً کارایی خواهد داشت.
2- در WebAssembly تمام پردازش‌ها به سمت کاربر هدایت می‌شود اما در ServerApp این پردازش سمت سرور رخ می‌دهد.
3- حجم اولیه فایل‌ها برای نمایش در WebAssembly بیشتر از ServerApp بوده و بنابر این زمان بیشتری طول خواهد کشید تا برنامه شما لود شود.